Par la porte de gauche, on entre dans la salle à manger des officiers, appelée ainsi parce que des militaires en manœuvre dans la région venaient s'y restaurer mais ceux-ci ne se mêlaient pas aux artistes. Cette pièce est meublée d'une table d'hôte sur laquelle est dressé un couvert dont les assiettes à motifs bleus sont en faïence de Creil Montereau du service Flora. Le décor de la cheminée peint par Jean-Léon Gérôme (1804-1904) est remarquable : son manteau est agrémenté de personnages à l'antique, Silhouette à la façon d'Herculanum et de Pompéi. Par ailleurs, celle-ci est surmontée d'une jolie glace encadrée par une guirlande de roses exécutée par Narcisse Diaz (1807-1876) et d'un trumeau orné d'un paysage réalisé par François-Louis Français (1817-1897). Sur la très grande armoire sont représentées des scènes de la vie paysanne par Albert Brendel (1827-1895), La cueillette des pommes. Sur celle qui se trouve à gauche de la fenêtre, ce sont des peintures de paysages des environs.

De l'autre côté de la pièce centrale, se trouve la célèbre salle à manger des artistes qui est séparée en deux par une cloison en bois. Sur l'un des panneaux, le paysage du centre est de Théodore Rousseau (1812-1867), sur l'autre le Désert d'Apremont au clair de lune est attribué à Narcisse Diaz. La fantaisie ornementale qui entoure ces paysages comme par exemple ces vols d'oiseaux de toutes les couleurs est très pittoresque. La partie de la pièce qui donne sur la rue sert de salle à manger. Celle-ci est meublée simplement d'une table, de chaises, d'un buffet bas aux peintures en trompe-l'œil qui rappellent la vaisselle utilisée : le pichet, le vinaigrier et la soupière en sont un exemple. C'est là que se réunissent dans une atmosphère de grande convivialité, les artistes qui, après une journée de travail, se montrent les études qu'ils ont réalisées ou bien se retrouvent pour de joyeuses fêtes arrosées comme dans La noce (de Louise Ganne et d'Eugène Cuvelier) par Olivier de Penne (1831-1897). Sur la table figure un exemplaire du registre de police qui permet de connaître le nom, l'âge et les dates de leur passage à l'auberge Ganne.

Au premier étage, se trouvent des chambres-dortoirs au confort sommaire dans lesquelles, s'il le fallait, on rajoutait des lits. Au cours de leur restauration, ont été découvertes des peintures murales : en effet, par temps de pluie certains s'occupaient à peindre directement sur les murs. Près de la fenêtre, remarquez l'artiste qui part de bon matin peindre sur le motif avec son baluchon comprenant un pique-nique, ses outils, sa boîte de couleurs, son tabouret et son chevalet.

S'en suivent quelques salles présentant des œuvres de tous ces artistes qui ont trouvé leur inspiration dans la forêt de Fontainebleau comme Narcisse Diaz qui dans Paysage peint un bouquet d'arbres dans les tonalités de brun tout en laissant une place importante au ciel chargé de nuages gris. Quant à Théodore Rousseau (1812-1867) dans La hutte des charbonniers, il essaie de rendre le plein air sous la lumière verticale du soleil de midi avec des tonalités très sombres pour le feuillage. Les peintres sur le motif dans la forêt de Fontainebleau par Jules Coignet (1798-1860) les montrent au travail en pleine journée, installés contre les rochers et à l'ombre d'un parasol pour étudier les effets de lumière sur la nature. Jean-François Millet (1824-1875) s'attache à représenter dans La couseuse, une paysanne vêtue d'une blouse bleue et coiffée d'un petit foulard jaune, effectuant une tâche coutumière. Les Neuf pochades représentant des vues de Chailly en Bière et de Barbizon par Charles-Octavie Paul Seailles (1855-1944), villages typiques de l'Ile de France, sont charmantes.

Une salle est consacrée aux tableaux des peintres animaliers représentant aussi bien les animaux de la forêt que ceux de la ferme, Poules dans un poulailler d'Alexandre Defaux (1826-1900). A partir de 1868, Ferdinand Chaigneau (1830-1906) continue l'œuvre animalière en étudiant les moutons comme par exemple dans Le Père chicorée.

Dans ce village se trouvent également des ateliers d'artistes comme la maison-atelier de Théodore Rousseau, un des plus célèbres peintres. Lui aussi séduit par la forêt, il y observe minutieusement la nature et ses changements au fil des jours et des saisons... En 1847, celui-ci décide de s'installer définitivement et achète, en retrait de la rue principale, une maison paysanne dans laquelle il aménage un atelier. Dans une grange annexe, il accueillait ses amis dont Millet, Diaz. Malheureusement le lieu a beaucoup changé : la grange a été agrandie et transformée en une jolie chapelle avec clocheton et porche en bois. Le jardin est devenu la place du Monument aux morts de Barbizon. Aujourd'hui annexe du musée, cet atelier accueille les expositions temporaires.