Malgré l’impression de labyrinthe, le visiteur se promène agréablement en empruntant progressivement les rampes. Au rez-de-chaussée, la visite commence par le département des antiquités qui va de la préhistoire à la période romaine avec l’exceptionnel et puissant Taureau à trois cornes d’Avrigney (fin du Ier siècle apr. J.-C.) au caractère divin. Il est stupéfiant de réalisme notamment dans la représentation des muscles et des veines. Quant à la mosaïque du Triomphe de Neptune (IIe siècle apr.-J.C.), elle possède des dimensions exceptionnelles : elle est une des plus grandes de ce type connue à ce jour. Ne manquez pas au premier étage du musée, le département ≪ égyptologie ≫ qui possède, entre autres, un magnifique sarcophage richement décoré de la momie de Séramon (XXIe dynastie, 1069-945 av. J.C.), prêtre du temple d’Amon.

Revenons au rez-de-chaussée et au parcours muséographique chronologique concernant les beaux-arts. Il commence par un hommage aux principaux donateurs du musée de la fin du XVIIe siècle aux années 1960 en présentant leurs portraits : tout d’abord l’abbé Boizot puis l’architecte du roi Louis XVI, Pierre-Adrien Pâris et le peintre Jean Gigoux sans oublier George Besson.

Suivent les salles consacrées aux œuvres du Moyen-âge à la Renaissance dont une section est réservée à la peinture italienne du XVIe siècle à Venise. On y voit plusieurs beaux portraits d’homme du Tintoret (1518/1519-1594) et du Titien (1488/1489-1575) qui peint un homme (vers 1515-1520) de trois quarts sur fond sombre. La blancheur de l’encolure finement plissée fait ressortir son visage aux traits nobles. Dans un espace évoquant une chapelle, se trouve très bien mis en valeur, le chef d’œuvre du musée, un des plus remarquables tableaux de l’artiste Bronzino (1503-1572) conservé en France : La Déploration sur le Christ mort (1543-1545). Ce tableau qui représente le Christ à sa descente de croix sur les genoux de Marie, sa mère, a été réalisé pour le palais de la Seigneurie à Florence à la demande de Cosme Ier de Médicis (1519-1574). Sa facture est lisse et sa palette claire est dominée par le précieux bleu lapis-lazuli.

En prenant la rampe, on accéde aux collections du XVIIe siècle dont on peut voir quelques peintures évoquant à la même époque la ville en flammes par différentes écoles européennes. Sur le palier, admirez l’école française avec Simon Vouet (1590-1649) et les Anges portant les instruments de la Passion (1624) et l’école flamande dont la Double étude de tête de vieillard (vers 1618-1621) de Jordaens (1593-1678), un des peintres flamands les plus importants qui travailla dans l’atelier de Rubens. Il y étudie la physionomie d’un vieillard sous deux angles.

Toujours au premier étage en suivant la rampe, on arrive à la peinture française du XVIIIe avec des œuvres de Fragonard（1732-1806）, Hubert Robert（1733-1808）, Chardin（1699-1779） et François Boucher (1703-1770), grand collectionneur d’objets asiatiques, dont les dix Chinoiseries (1742) à mi-chemin entre cartons de tapisserie et peintures de cabinet sont dans le goût des européens du XVIIIe siècle pour l’Orient.