Guimet rencontre un français qui s'appelle Félix Régamet qui était dessinateur et peintre, et il lui propose de financer son voyage au Japon à condition qu'il l'accompagne et qu'il soit à son service. En 1876, Emile Guimet et Félix Régamet partent donc tous les deux au Japon, où Ils vont rester près de six mois. Guimet, avec Régamet et assisté d'un interprète, va visiter les grands temples et il va accumuler des documentations, du texte bien sûr, des dessins et puis il va aussi acheter beaucoup d'œuvres au Japon et beaucoup de sculptures bouddhiques. Il y a une chose tout à fait passionnante qu'il fait et très novatrice, il va commander la réplique complète du mandala du temple du Toji à Kyoto et il va faire ramener cette copie complète du mandala du Toji à Paris.

　Donc, c'est dire que d'emblée, dans l'histoire des collections le Japon à une très grande part. Il va rester directeur du musée jusqu'à sa mort en 1918. Même après sa mort, grâce à ses publications qui ont attiré le monde savant à lui et en particulier celui qui travaille sur l'Asie, le musée a continué d'enrichir ses collections asiatiques.
Et puis, après la seconde guerre mondiale en 1945, le gouvernement français considère qu'il faut avoir un seul lieu dédié aux arts asiatiques, il va donc donner toutes les collections du département des arts asiatiques du Louvre, notamment l'extraordinaire collection de porcelaine chinoise, au musée Guimet qui devient le musée national des arts asiatiques, et en contrepartie les collections égyptiennes du musée Guimet vont rejoindre le Louvre. Après cela, le musée Guimet reçoit des œuvres des missions scientifiques en particulier les collections cambodgiennes. Cela devient donc le plus grand musée d'Art asiatique hors d'Asie. Et surtout, c'est un musée très différent de toutes les autres collections asiatiques dans le monde parce que justement il prétend couvrir toute l'Asie, c'est-à-dire que cette exhaustivité des collections va réellement de l'Afghanistan bouddhique jusqu'au Japon avec beaucoup d'angles d'approche différents, un art religieux, mais aussi un art séculier. Par exemple des objets qui viennent des collections royales mais aussi des objets qui viennent de fouilles archéologiques, des objets qui expriment le goût des grands collectionneurs mais aussi une très importante et extraordinaire collection de photographies, tout ceci en fait une collection sans pareille.